Ο κ. Μάριος Νικολαΐδης ξεκίνησε την επαγγελματική του καριέρα αμέσως μετά την ολοκλήρωση των προπτυχιακών του σπουδών. Το 2011 προσλήφθηκε στο εργαστήριο του Ωκεανογραφικού Κέντρου του Πανεπιστημίου Κύπρου ως ειδικός επιστήμονας, υπεύθυνος για τον ποιοτικό έλεγχο και την επεξεργασία των επιτόπιων θαλάσσιων παρατηρήσεων σχετικά με τις φυσικές παραμέτρους των θαλάσσιων υδάτων της Λεβαντίνης Θάλασσας. Έχει συμμετάσχει ως ερευνητής σε περισσότερα από 15 ερευνητικά προγράμματα: GROOM, PREMARPOL, MEDESS-4MS, MYOCEAN II και άλλα, με τα τελευταία να είναι MAESTRALE και CyCLOPS. Μεταξύ των ευθυνών του ήταν: προετοιμασία και ανάπτυξη ωκεανογραφικών οργάνων (π.χ. CTD, ADCP), επεξεργασία δεδομένων και οπτικοποίηση μετρήσεων, συμμετοχή σε ωκεανογραφικές
[...]κρουαζιέρες για τη συλλογή δεδομένων, ανάπτυξη λογισμικού για την υποστήριξη μαθηματικών μοντέλων θαλάσσιας πρόβλεψης (CYCOFOS κ.λπ.) και για τις ανάγκες ορισμένων ερευνητικών προγραμμάτων (π.χ. ανάπτυξη πλατφορμών GIS για το MAESTRALE). Επί του παρόντος, είναι εγγεγραμμένος στο CUT Geodesy Lab.
Η έρευνά του επικεντρώνεται στη Φυσική Ωκεανογραφία και τη Θαλάσσια Γεωδαισία, με έμφαση στην ανάπτυξη μαθηματικών μοντέλων πρόβλεψης. Επιπλέον, ενδιαφέρεται να αναπτύξει λύσεις λογισμικού για να βοηθήσει την προώθηση των ερευνητικών του στόχων.