Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα Mάστερ αντιμετωπίζει διεπιστημονικά το αντικείμενο της Βιοτεχνολογίας, προσφέροντας θεωρητική κατάρτιση στις βασικές επιστήμες που διέπουν τα βιοτεχνολογικά επιτεύγματα, με προηγμένα μαθήματα υποδομής στη Βιοχημεία, Μοριακή Βιολογία και Μικροβιολογία, καθώς και εξειδικευμένα μαθήματα Γενετικής Μηχανικής, Βιοτεχνολογικών Εφαρμογών, Βιοοικονομίας, Βιοηθικής και Βιοασφάλειας, Μοριακής Οικολογίας, Βιοπληροφορικής κ.ά. Η θεωρητική κατάρτιση συνδυάζεται με απόκτηση σημαντικής εργαστηριακής εμπειρίας στη χρήση προηγμένων τεχνικών, οι οποίες χρησιμοποιούνται ευρέως στην αγροπεριβαλλοντική και φαρμακευτική βιομηχανία, στους δημόσιους ελεγκτικούς φορείς, αλλά και στην έρευνα και ανάπτυξη καινοτόμων προϊόντων.
Στόχος του προγράμματος είναι η θεωρητική και τεχνική κατάρτιση των φοιτητών/τριών στις σύγχρονες μεθόδους Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας, οι οποίες θα τους/τις καταστήσουν ικανούς/ές για εξειδικευμένη επιστημονική εργασία, αλλά και για συνέχιση των σπουδών τους σε διδακτορικό επίπεδο.
Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα στη Βιοτεχνολογία απευθύνεται σε απόφοιτους αναγνωρισμένων ιδρυμάτων ανώτατης εκπαίδευσης, οι οποίοι/ες προέρχονται από τις Επιστήμες της Γεωπονίας, Βιολογίας, Χημείας, Κτηνιατρικής, Φαρμακευτικής, καθώς επίσης και από άλλα συναφή επιστημονικά πεδία.
Για την απόκτηση του Mάστερ, απαιτείται συνολικά η επιτυχής ολοκλήρωση 107 ECTS, συμπεριλαμβανομένης της εκπόνησης Διατριβής Μάστερ, η οποία λαμβάνει 45 ECTS. Στο πρόγραμμα σπουδών του μεταπτυχιακού προγράμματος υπάρχουν υποχρεωτικά μαθήματα και μαθήματα περιορισμένης επιλογής.
Οι φοιτητές/τριες παρακολουθούν συνολικά οκτώ μαθήματα, εκ των οποίων τα έξι είναι υποχρεωτικά και τα δύο είναι περιορισμένης επιλογής. Σε κάθε εξάμηνο, προσφέρονται τρία υποχρεωτικά μαθήματα και ένα μάθημα περιορισμένης επιλογής. Η εκπόνηση της Διατριβής Μάστερ ξεκινά κατά την έναρξη της θερινής περιόδου, εφόσον ολοκληρωθεί με επιτυχία το διδακτικό μέρος του προγράμματος και ολοκληρώνεται μέχρι το τέλος του τρίτου εξαμήνου. Κατά το πρώτο ή το τρίτο εξάμηνο, όλοι/όλες οι μεταπτυχιακοί φοιτητές/τριες οφείλουν να συμμετάσχουν στο μεταπτυχιακό σεμινάριο ΓΒΤ 512.
Το πρόγραμμα προσφέρεται σε βάση πλήρους ή μερικής φοίτησης και έχει ελάχιστη διάρκεια τρία εξάμηνα, περιλαμβανομένης της θερινής περιόδου, η οποία ξεκινάει μετά τη λήξη του Εαρινού εξαμήνου και περιλαμβάνει τους καλοκαιρινούς μήνες.